Le réplicat WT.K1 est différent des autres : il présente une forte hétérogénéité, avec soit de très forts ou très faibles counts suivant les gènes. Après normalisation, il semble toujours se démarquer des autres et fausser l’analyse d’expression différentielle.

Ce document résume les différences entre les design avec ou sans ce réplicat, et les résultats obtenus avec DESeq2 et EdgeR.

Comparaison des log Fold Change

Ici, avec EdgeR, on va comparer les logFoldChange entre les deux designs.

        2-1
Down     27
NotSig 5832
Up       75

        2-1
Down     78
NotSig 6573
Up      151

Le log fold change n’est pas centré en 0, probablement car le nombre de counts de K1 est plus fort que les autres, et tire le ratio de manière systématique vers une valeur inférieure à 1.

 

A work by Océane Cassan

oceane.cassan@supagro.fr